Το Μουσείο είναι αφιερωμένο στον διεθνούς φήμης Έλληνα εικαστικό Κωνσταντίνο Ξενάκη, ο οποίος δώρισε 171 έργα του όλων των περιόδων στον Δήμο Σερρών οραματιζόμενος τη δημιουργία ενός μοναδικού στο είδος του Μουσείο στην πόλη των Σερρών. Επίσης, 13 έργα του καλλιτέχνη δώρισε στον Δήμο ο καθηγητής του Α.Π.Θ. Αριστοτέλης Νανιόπουλος, ενώ μικρότερο αριθμό έργων άλλοι δωρητές.

To Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης «Πινακοθήκη Κωνσταντίνος Ξενάκης» δημιουργήθηκε στο πλαίσιο του έργου Cultural Dipole «Δημιουργία πολιτιστικού διπόλου στη διασυνοριακή περιοχή» του προγράμματος INTERREG V-A «Ελλάδα – Βουλγαρία 2014-2020» και λειτουργεί υπό την ευθύνη της ΚΕΔΗΣ του Δήμου Σερρών.